Вода Байкала отличается необыкновенной чистотой и прозрачностью. Белый диск Секки, применяемый для определения прозрачности виден в Байкале до глубины 40 метров, тогда как прозрачность вод Каспийского моря не превышает 25 метров, озера Севан - 20 метров. Уступают Байкалу по прозрачности и альпийские озера. Исследования показали, что на глубине 250 - 1200 метров прозрачность байкальской воды не меньше, чем в Саргассовом море, считаемом всемирным эталоном самой высокой прозрачности. Акванавты, опускавшиеся в глубину на батискафе "Пайсис" утверждают, что привыкший к темноте человеческий глаз может определить проникновение дневного света на глубине до 800 метров, а чувствительные фотопластинки фиксируют его на глубинах свыше 1500 метров. На мелководьях и в устьях рек прозрачность воды значительно ниже, чем в глубоководных районах. В период весеннего развития водорослей происходит постепенное уменьшение прозрачности воды, и в марте мае белый диск даже в глубоководных районах становится невидимым уже на глубине 8-10 метров. От прозрачности воды зависит также и ее цвет. В глубоководной области цвет бирюзово-синий, как в глубоких морях; по мере уменьшения прозрачности она принимает голубовато-зеленый оттенок; в августе сентябре, в период максимального развития летнего планктона, становится зеленовато-сероватой.
Вода озера отвечает лучшим стандартам качества чистой питьевой воды. Редкая чистота и исключительные свойства байкальской воды обусловлены жизнедеятельностью животного и растительного мира озера. Основную роль фильтра воды выполняет микроскопический рачок эпишура. За год армада рачков способна трижды очистить верхний пятидесятиметровый слой воды. В байкальской воде очень мало растворенных и взвешенных веществ, ничтожно мало органических примесей.
Минерализация вод озера невелика - 96,4 миллиграмма на литр, главным образом это кальций, магний и кремний в то время. В других озерах она доходит до 400 и более миллиграммов на литр. В Байкале нет сероводорода, его вода отличается обилием кислорода как в верхних, так и в самых глубоких придонных слоях. Избытку кислорода способствует активный вертикальный водообмен в периоды перед замерзанием и после освобождения озера ото льда. Содержание кислорода в поверхностном слое составляет 11-14 миллиграммов на литр, на больших глубинах оно не опускается ниже 70-80 процентов насыщения. В верхних слоях мантии образуется водород вещество, выделяющее при своем сгорании огромное количество энергии.
Вода обладает прекрасными вкусовыми качествами и идеально подходит для организма человека. Анализы, проведенные в Университете Южной Каролины (США), в институте Фрезенчуса (ФРГ, 1995 г.), а также в лабораторных центрах Японии и Кореи, подтвердили высокие качества воды. По чистоте вод Байкал уступает, вероятно, только озеру Кратерному в США, штат Орегон (глубина 610 м), которое признается природным аналогом дистиллированной воды.
В настоящее время в мире не сохранилось открытых водоемов с пресной водой, пригодной для питья. Исключение составляет лишь Байкал. С 1992 г. начат промышленный разлив байкальской воды. Вода забирается с глубины 400 м, где она защищена водной толщей от поверхностных загрязнений и где сохраняется постоянная температура + 4,2 С.
Установлено, что капля воды, попадая в Байкал из его притоков, отстаивается здесь годами. Водообмен (замена глубинных вод поверхностными) происходит в северной котловине за 225 лет, в средней за 132 года и в южной - за 66 лет.
Температурный режим воды Байкала своеобразен. Это связано не только с климатическими условиями, но, прежде всего, с необычайной глубиной озера и резким преобладанием глубинной зоны над мелководьями. На температурный режим озера влияет также горизонтальная циркуляция вод, особенно в весеннелетний период. Наиболее теплой бывает вода в Байкале в конце августа. В это время температура ее достигает на поверхности 10-16 градусов. Чем глубже слой воды, тем медленнее он прогревается. Летом на глубине 20 метров температура воды поднимается не выше 10 градусов, а глубже 250 метров и до самого дна вода круглый год имеет одну и ту же температуру - 3-4 градуса. Таким образом, солнце успевает нагреть байкальские воды лишь до глубины 250 метров, а ниже этих слоев сезонных колебаний температуры практически не бывает. На обширных мелководьях, в заливах и сорах, вода прогревается до 20- 25 градусов.
